Blue Mermaid คือ หญิงสาวผู้ดูแลและปกป้องผืนทะเล เป็นความฝันของเหล่าเด็กสาวที่รักและหลงใหลในท้องทะเล จนในที่สุดพวกเธอได้ผ่านการสอบเข้าโรงเรียนเดินเรือสตรีโยโคสุกะ ฝึกฝนการเป็น Blue Mermaid โดยการเรียนในครั้งแรกจะมีการจัดแบ่งเรือ ตามสามารถของแต่ละคนเพื่อฝึกซ้อมการออกทะเล มิซากิ อาเกโนะ ได้รับเลือกให้เป็นกัปตันของเรือพิฆาตฮาเระคาเสะ โดยมีลูกเรือทั้งหมด 30 คน แต่ละคนจะมีหน้าที่ที่แตกต่างกันออกไปตามความถนัด แต่แล้วก็มีเหตุให้พวกเธอถึงจุดนัดพบช้ากว่ากำหนด หลังจากนั้นพวกเธอได้ถูกเรือซารุชิมะของครูฝึกคุรุโชวโจมตีใส่โดยไม่ทราบสาเหตุ ทำให้พวกเธอต้องโต้ตอบและถูกกล่าวหาว่าเป็นกบฏ สุดท้ายเหล่าเด็กสาวจะไล่ตามความฝันที่จะเป็น Blue Mermaid ได้หรือไม่ ?